مدرسه آیات نیز در راستای تحقق اهداف تعریف شده در حیطه ی مشاوره ی کودک در دوران ابتدایی فعالیت هاو برنامه هایی را در دستور کار مشاور مجموعه قرار داده که بدین شرح می باشند:
برگزاری جلسات خصوصی با اولیا در تابستان جهت شناخت اولیه خانواده ها
برگزاری جلسات عمومی اولیا
برگزاری اردوهای مناسب پدر و پسری
بررسی و رصد وضعیت دانش آموزان در طول سال تحصیلی
تشخیص مسائل بالقوه بچه ها
ارائه راهنمایی و راهکار برای مسائل بالقوع دانش آموزان
ارائه راهنمایی و راهکار برای مسائل بالقوه خانواده ها
برگزاری کارگاههای هفتگی مهارتی-آموزشی برای دانش آموزان(با هدف پیشگیری)
برگزاری کارگاه هایی با طرح درس ها کارشناسی شده در راستای حل مسائل روز بچه ها
برگزاری جلسات خصوصی با دانش آموزان
برگزاری کارگاه های آموزشی-مهارتی برای معلمان